参与海洋管理的有海洋与渔业局、科技厅、环保局、海事局、交通局等多个部门，综合协调机构未能实现理想运转，造成了海洋政策落地困难，无法得到全面贯彻与实现，海洋政策在一定程度上只能是“纸上谈兵”。
虽然广东海洋政策在全国范围内起步较早，也明确提出建设海洋经济强省的战略目标，但对于如何实现海洋经济强省却一直缺乏统一、完整、清晰的可指导海洋各方面协调发展的海洋总体政策。
(一)海洋政策缺乏宏观规划和前瞻性。由于海洋环境复杂多样，各种资源相互关联，使得各个海洋产业的发展相互影响、相互依存。因此，单一部门、区域性的海洋发展规划不能协调各海洋产业之间的关系，难以促进海洋开发的整体效益。同时，各部门不同的海洋发展规划还容易导致纵向上政策相互脱节，横向上各政策又在目标、内容和效应上相互冲突。
(二)涉海法规政策有待健全。广东在地方性海洋法规和制度建设上已经取得了若干重要成果，但还仍不能适应海洋经济的发展，主要表现在：一是海洋基本法规不健全，还没有制定出与《联合国海洋法公约》和国家涉海法律相衔接，甚至是超前于国家海洋法律的地方法规体系；二是涉及海洋的法规和政策多为管理部门制定，导致相关涉海法规部门利益突出，缺少综合统一性；三是有的规定、办法法律层次太低，权威性不够，在执行中不可避免地被打折扣。
(三)海洋行政管理体制僵硬。广东省是较早开展海洋综合管理的省份，也取得了一定的成效，但政出多门，条块分割的问题仍然困扰着广东海洋经济的持续发展。参与海洋管理的有海洋与渔业局、科技厅、环保局、海事局、交通局等多个部门，综合协调机构未能实现理想运转，造成了海洋政策落地困难，无法得到全面贯彻与实现，海洋政策在一定程度上只能是“纸上谈兵”。
(四)海洋科技政策效果不明显。观察广东长期以来海洋科技政策以及海洋科技发展趋势可以发现，广东海洋科技以开发性、实用性研究占据主导，对海洋新兴产业和海洋高新技术研究滞后，使得各种技术应用开发后劲不足，关键海洋技术领域和海洋高新技术前沿领域落后。对实施海洋科技创新战略缺乏前瞻性认识，研究视野还大多局限在传统海洋产业和近海区域。海洋新兴产业和海洋高新技术研究大大落后于发达地区。海洋科技创新缺乏战略性指导，致使海洋科技创新水平与福建、山东等省相比还有较大的差距，不利于广东省海洋经济可持续发展。
(五)海洋环境政策成效有限。虽然近年来广东加大了环保宣传和污染治理的力度，但从源头控制污染仍然存在许多薄弱环节。2007年监测结果表明，广东管辖海域河口区、港湾等近岸海域海水质量未见好转，受陆源污染影响较大的部分河口区、近岸海域和港湾水质较差，有些地区和部门落实海洋功能区划分不力，有些业主只追求内部收益，不考虑自己行为的负外部性，造成海洋生态环境恶化。每年全省因病害造成水产养殖产值损失15%以上，湛江2006年上半年对虾养殖约有62.5%的发病率。
(六)政策制定和执行过程中公众参与性不强。作为一种公共政策，海洋政策是公众在海洋领域的政策表达，是有意识的、合理的政策序列设计与安排。在制定海洋政策的过程中，应当以满足公共利益为目标，应面向公共或社会共同需要，满足多数和保护少数。而目前情况是，在政策制定前、制定中及政策落实过程中，大多征求的是行政主管机构与所涉行业部门意见与建议，而未建立有效的直接面对公众的沟通协商机制，社会公众积极主动参与的深度不够。
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