天然气产业内部创新能力比较低，产业升级缓慢，集群效应低。其主要原因是当前产业集群模式欠合理。在当前的模式下，产业集群还没有充分成长起来，高科技人才的支撑力度不足，创新体系不完善，从而影响了整个产业的升级与进一步发展。
“十二五”期间，随着中国工业化和城镇化的不断推进以及低碳发展要求的不断提高，工业结构转型和快速城市化对能源产业产生了更大的需求，国家产业结构调整、经济增长方式转变对能源产业组织方式提出了更高的要求，这都给天然气及相关产业的发展提供了难得的机遇。尽管面临着如此难得的机遇，但是，要发展成渝经济区区域内天然气产业链就必须解决发展过程中存在的问题。从成渝经济区区域内天然气产业链发展现状来看，还存在着以下问题：
(一)产业链延伸不足，产业结构欠合理
天然气产业链发展处于初级阶段，天然气主要用于燃料、燃气的生产和作为化工原料。天然气产业结构的布局偏重于上游产业，天然气化工主要集中在生产二甲醚、合成氨等化肥产品上，产品雷同，附加值低，经济附加值较高的下游深加工企业没有达到相应数量与规模。除此之外，天然气产业链发展的“网状结构”不明显，削弱了其可以带来的竞争优势。天然气产业集群对区域发展的拉动作用尚未充分发挥出来。
(二)政府职能与市场机制之间存在矛盾
天然气资源的特殊性，以及天然气生产企业的垄断特性，决定了天然气产业链的布局和发展在很大程度上依赖于政府调控和协调。但是，由于目前政府在这方面的职能落后于快速发展的经济需要，以致天然气产业集群的发展受到了影响，具体表现为：一方面，天然气生产企业反映成本高企和政府对资源的定价过低；另一方面，闲置的民间资本难以跨过保护门槛。这不仅不利于天然气产业的发展，对整个区域的经济发展也有一定的阻碍作用。
(三)技术创新能力低，产业升级缓慢
天然气产业内部创新能力比较低，产业升级缓慢，集群效应低。其主要原因是当前产业集群模式欠合理。在当前的模式下，产业集群还没有充分成长起来，高科技人才的支撑力度不足，创新体系不完善，从而影响了整个产业的升级与进一步发展。
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