中小企业推进“两化融合”缺少资金和复合性人才。由于“两化融合”的配套基础设施投资成本较大，超出一些中小企业的经济承受能力，导致企业推进“两化融合”心有余而力不足。
推进“两化融合”的体制机制还不够健全。现在，除了广东、山东、江苏、北京、上海、湖北等省市外，甘肃、宁夏、重庆、贵州、广西等西部省市都出台了推进“两化融合”的专题文件，有的还成立了相关机构，加强了组织领导。陕西为加快“两化融合”做了很多工作，但推进“两化融合”的工作力度还不够，一些突出问题没有得到及时解决；还没有出台推进“两化融合”的指导意见、发展规划、评价指标体系和考核激励办法。从企业来看，“两化融合”的推进体制不完善，相当一部分企业没有建立信息化工作机构，多数企业没有建立首席信息官工作制度。
推进“两化融合”的投融资政策不完善。国家关于加快信息化建设的鼓励政策在陕西还没有落实到位。陕西省对推进“两化融合”工作的资金扶持力度不足，尚未形成支持“两化融合”的多元化投融资体系；对能起到示范标杆作用的龙头企业政策支持不够；对能够争取国家重点项目及专项资金支持的企业，缺乏鼓励政策，影响“两化融合”项目的实施质量。多数市区设立推进“两化融合”的扶持资金。
中小企业推进“两化融合”缺少资金和复合性人才。由于“两化融合”的配套基础设施投资成本较大，超出一些中小企业的经济承受能力，导致企业推进“两化融合”心有余而力不足。复合性人才短缺也是影响陕西省中小企业“两化融合”发展的重要原因。一些企业员工的整体IT素养不高，对于“两化融合”中涉及的信息化基本知识、创新思维能力、技术掌握能力等方面存在明显差距，还不能满足企业发展需要。面向行业应用信息技术的培训及认证体系不健全，具有行业应用背景的专业信息技术人才和掌握信息技术的管理人才、复合型人才匮乏。
一些地区、企业对“两化融合”缺乏足够的认识。有些地方受片面追求GDP思想的影响，对没有直接带来工业增加值的“两化融合”项目重视不够。在申报省上“两化融合”重点项目时只报传统项目，热衷于盖厂房、上生产线，对于运用信息技术提高企业创新能力和管理水平的“两化融合”项目没有提到议事日程。除了一些发展良好的大型企业和比较专业的中小企业，相当一部分企业对信息化建设的重视程度不够，导致在整体规划、机构设置、人员配备、资金投入等方面，还不能适应企业信息化建设的需要。此外，行业内和跨行业的企业信息化经验交流和沟通渠道比较缺乏，对标杆企业推进信息化建设的成功经验宣传不够。
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