科技、经济、教育、人事、财税等主管部门之间存在彼此分割、相互脱节的现象，缺乏有效的统筹及战略协同，科技政策与产业、教育政策等配套不够，导致一些好的科技政策难以落实到位。
总体来看，新世纪头10年湖北省科技体制改革取得了重大进展。但同时应该看到，全省科教优势转化不够的状况尚未得到根本性扭转，新的科技体制建设目前依然不够健全，尚存在体制机制方面的障碍。
(1)面向应用技术研发体系薄弱。总体上看，湖北省科技成果产出结构呈现“一高一低”特点，科技论文、获奖成果、承担国家科研计划等纯科研型产出高，专利、新产品等商业化应用成果产出低。湖北的论文数量、获奖成果数量一般居全国第5位左右，专利申请量居全国第10位左右。近两年，全省授权专利中，发明专利仅占13.3%，明显低于全国20%的平均水平。高校本身面向应用技术研发的导向不足，开发类院所改制后应用研究功能削弱，公益类应用技术科研机构由于事业费不足，发展滞后，导致面向应用技术研发的科研体系薄弱。
(2)产学研深度结合机制有待突破。高校、科研机构与企业对技术的关注点不同，高校、科研机构往往只关注技术的先进性，忽视市场需求，成果本身离商业化应用有较大差距，而企业需要的创新成果则是工程化的成熟技术。同时，产学研合作形式多，实际内容少，影响企业的积极性、主动性，在产学研结合的长效机制，特别是在建设产业技术创新战略联盟、生物技术研究院等新型产学研创新组织有效运行的体制机制上，有待进一步探索。
(3)企业技术创新主体地位不突出。①从事科技活动的企业比例较低。2008年，全省有科技活动的工业企业比例为13%，不仅大大低于北京(25.8%)、浙江(22.3%)等发达省市，也低于同为中部的安徽(15.3%)、湖南(14.9%)；②企业科学研究与试验发展投入水平偏低。企业普遍缺乏内部创新机制，在湖北省大中型工业企业中，科学研究与试验发展投入强度达到5%以上的企业只有50个。在全省科学研究与试验发展经费支出中，企业投入占63.6%，比全国平均水平低8.1个百分点。
(4)科技资源分布失衡。大城市科技资源高度密集，中小城市尤其是县域科技资源不足。武汉、襄樊是全省科技资源聚集中心，集中了全省科技人员的近60%，科技经费的70%，科技信息资源的60%。中小城市及县域科技力量薄弱，尤其是农村科技资源相当匮乏。据黄石市调查：全市所有乡镇农村服务机构10多年来未进一名大学生。高校和科研机构科技资源高度密集，企业尤其是中小企业科技资源不足。全省高校和科研机构集中了约78%的研发机构、35%的科技活动人员和36%的科学研究与试验发展经费。
(5)科技宏观管理体制亟待完善。科技、经济、教育、人事、财税等主管部门之间存在彼此分割、相互脱节的现象，缺乏有效的统筹及战略协同，科技政策与产业、教育政策等配套不够，导致一些好的科技政策难以落实到位。
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