风险投资的运作包括融资、投资、管理、退出四个阶段。
融资阶段解决“钱从哪儿来”的问题。通常，提供风险资本来源的包括养老基金、保险公司、商业银行、投资银行、大公司、大学捐赠基金、富有的个人及家族等，在融资阶段，最重要的问题是如何解决投资者和管理人（风险投资家）的权利义务及利益分配关系安排。
投资阶段解决“钱往哪儿去”的问题。专业的风险投资机构通过项目初步筛选、尽职调查、估值、谈判、条款设计、投资结构安排等一系列程序，把风险资本投向那些具有巨大增长潜力的创业企业。
管理阶段解决“价值增值”的问题。风险投资机构主要通过监管和服务实现价值增值，“监管”主要包括参与被投资企业董事会、在被投资企业业绩达不到预期目标时更换管理团队成员等手段，“服务”主要包括帮助被投资企业完善商业计划、公司治理结构以及帮助被投资企业获得后续融资等手段。价值增值型的管理是风险投资区别于其他投资的重要方面。
退出阶段解决“收益如何实现”的问题。风险投资机构主要通过IPO、股权转让和破产清算三种方式退出所投资的创业企业，实现投资收益。退出完成后，风险投资机构还需要将投资收益分配给提供风险资本的投资者。
风险投资一般采取风险投资基金的方式运作。风险投资基金在法律结构是采取有限合伙的形式，而风险投资公司则作为普通合伙人管理该基金的投资运作，并获得相应报酬。在美国采取有限合伙制的风险投资基金，可以获得税收上的优惠，政府也通过这种方式鼓励风险投资的发展。
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