业界预计，医药电商的市场空间有望从目前的近2000亿元向近万亿市场扩展，行业将实现从新业态到广泛应用业态的跨越，预计慢性病、常见病类口服药将最先受益。
不过，行业的真正繁荣与医改的推进步伐紧密相关。在医改时间表尚不明朗的情况下，医药商业的互联网的发展空间尚存不确定性。处方电子化、处方药网购放开、医生多点执业、跨地区医保打通，这四个政策出台后，才能打造一个完整的互联网医疗生态圈。
三大难题待解
在九州通、康美药业、嘉事堂等医药电商标的被热炒的同时，业界对互联网交易平台对上市公司的业绩贡献却没有那么乐观。
业内人士指出，医药电商的第一大障碍是如何保障用药的效率。目前的普遍用药习惯是感冒发烧拉肚子可能直接去药店自行解决，目前药店跟便利店一样在各地多如牛毛，覆盖半径不足3公里。而网购药品需要解决的是如何让患者拿到药品的时间短于传统的取药时间。目前的物流速度还没办法满足用户的急需用药需求，特别是跨城市的物流配送速度。2013年整个医药电商的市场份额不到40亿元，进入该行业的玩家也不多，每家规模都不大，不足以支撑自建物流和门店，药品要及时送达还很难，尤其是偏远地区则需要更长的时间。
其次是用药的安全性。即使是慢性疾病，可能每次用药会不同，如何每次去医院看病都能跳过医生和医院拿到药方这本身就是个巨大的难题。即使放开了处方药管制，患者敢不敢拿到药方在网上买也是个问题。对于直接在医药电商平台上找医生看病，这涉及到用户对平台和医生的信任问题了，诊断检查、化验等需要线下操作的行为在线医生也无法解决。
再者是医保卡刷卡问题。医药电商目前面临的一大障碍是不能刷医保卡，这也是网上医药电商黏不住顾客的主要原因之一。未来的趋势是开放网上医保支付，但短期内仍会对处方药网上销售带来巨大冲击。
业内人士认为，医药电商的真正难点其实并不在线上，而在于线下。药品只是整个医药流通体系的其中一环，新兴的医药电商要想杀出重围，出路应是医生与患者之间的连接平台，为患者提供个性化健康解决方案。
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